1. 체포와 구속의 적부심사제도
일단 영장에 의하여 수사기관에 체포 또는 구속되었다고 하더라도 피의자는 적부심사절차에 따라 다시 법원으로부터 체포 또는 구속의 적부 여부를 심사 받을 수가 있다. 이 절차에서 체포 또는 구속이 부당하다고 하여 법원이 석방을 명하면 피의자는 즉시 석방되며, 이에 대하여 검사는 항고를 하지 못한다. 체포 또는 구속적부심의 청구는 피의자 본인이나 변호인은 물론 배우자, 직계친족, 형제자매, 호주, 가족, 나아가 동거인이나 고용주도 피의자를 위하여 청구할 수 있다. 체포 또는 구속적부심은 사건이 경찰(군사법경찰)에 있는가 검찰(군검찰)에 있는가를 가리지 아니하고, 검사(군검찰)가 법원(군사법원)에 기소를 하기 전이면 청구할 수 있다는 점에서 기소된 피고인에 대하여 인정되는 보석 제도와 다르다. 체포 또는 구속적부심을 청구 받은 법원(군사법원)은 지체없이 구속된 피의자를 심문하고 증거를 조사하여 결정을 하여야 하는데, 청구권자 아닌 자가 청구하거나 동일한 영장에 대하여 재청구 한 때, 수사방해의 목적이 분명한 때 등에는 청구를 기각할 수 있으며 이에 대하여 피의자는 항고하지 못한다. 개정된 형사소송법(군사법원법)은 구속의 적부심사를 청구받은 피의자에 대하여도 피의자의 출석을 보증할만한 보증금의 납입을 조건으로 석방을 명하는 피의자보석제도를 채택하였는 바, 석방의 요건·집행 절차 등은 보석의 경우와 거의 동일하다.
2. 기소
검사(군검찰관)는 사법경찰관(군사법경찰관)으로부터 송치 받은 사건이나 직접 인지 등으로 수사한 사건에 대하여 피의자가 재판을 받음이 마땅하다고 판단되는 경우에는 이를 법원에 회부하게 되는데 이를 공소제기 즉 기소한다고 하며, 검사(군검찰관)에 의하여 기소된 사람을 피고인이라 한다. 그런데 검사(군검찰관)가 피의자에 대하여 징역형이나 금고형에 처하는 것보다 벌금형에 처함이 싱당하다고 생각되는 경우에는 기소와 동시에 법원에 대하여 벌금형에 처해 달라는 뜻의 약식명령을 청구할 수 있는데 이를 약식기소라고 한다. 따라서 구속된 사람에 대하여 검사가 약식기소를 하는 경우에는 석방을 하여야 한다. 이 경우 판사는 공판절차를 거치지 않고 수사 기록만으로 재판을 하게 된다. 그러나 판사는 약식절차에 의하는 것이 불가능 또는 부적당하다고 생각하는 경우에는 정식 재판에 회부하여 공판을 열어 재판을 할 수도 있다. 피고인이나 검사(군검찰관)는 판사의 약식명령에 대하여 불복이 있으면 7일 내에 정식재판을 청구할 수 있다. 그리고 실무상으로는 검사(군검찰관)는 약식기소를 할 때 구형에 해당하는 벌금 상당액을 피고인으로부터 미리 예납을 받고 있는데 예납한 피고인은 약식명령에 기재된 벌금을 다시 납부할 필요는 없다.
3. 불기소
검사(군검찰관)가 사건을 수사한 결과 재판에 회부하지 않는 것이 상당하다고 판단되는 경우에는 기소를 하지 않고 사건을 종결 하는데 이를 불기소처분이라고 한다. 불기소처분으로 중요한 것은 기소유예와 무혐의 처분이 있다. 기소유예는 죄는 인정되지만 피의자의 연령이나 성행, 환경, 피해자에 대한 관계, 범행의 동기나 수단, 범행 후의 정황 등을 참작하여 기소를 하여 전과자를 만드는 것보다는 다시 한 번 성실한 삶의 기회를 주기 위하여 검사(군검찰관)가 기소를 하지 않는 것을 말한다. 그리고 실무에서는 '선도 조건부 기소유예제도'를 많이 활용(군검찰은 거의 사용하지 아니한다. 실질적으로 소속부대 부대장이 판단하기 때문이다)하고 있는데 이는 선도위원이 피의자를 선도하여 앞으로 재범하지 않는다는 조건으로 검사가 기소를 유예하는 것인데 이 제도의 실시 결과 재범률이 무척 낮아져 좋은 성과를 얻고 있다(군의 경우 선도위원이 존재하지 아니한다). 무혐의 처분은 검사(군검찰관)가 수사결과 범죄를 인정할만한 증거가 없는 경우에 피의자의 무고함을 최종적으로 판단하는 처분이다. 또 민사상의 채무불이행에 해당되어 무혐의 처분을 한 경우에는 형사상 범죄가 성립되지 않는 것을 의미할 뿐이지 민사상의 채무까지 면해주는 것이 아님을 주의할 필요가 있다. 그런데 기소유예에 대하여 한 가지 알아둘 것은 한번 기소유예를하면 특별한 사정이 없으면 다시 같은 죄로 기소를 하지 않지만 만약 기소유예 후에 또 죄를 저질렀다고 하는 경우 등의 사정이 있으면 검사(군검찰관)는 기소유예 처분한 범죄에 대하여 새로 기소 를 할 수 있다는 점이다. 그리고 이는 무혐의에 대하여도 마찬가지로 만약 새로운 증거가 발견된다면 검사(군검찰관)는 기소를 할 수 있다. 또한 고소, 고발의 각하처분은 무익한 고소, 고발의 남용, 남발에 의한 피고소, 피고발인의 인권침해를 방지하고 고소, 고발인의 권익을 합리적으로 보호조정하기 위한 제도로 고소인 또는 고발인의 진술이나 고소장 또는 고발장에 의하여도 처벌할 수 없음 이 명백한 고소, 고발사건의 경우에는 검사(군검찰관)는 피고소, 피고발인을 소환 조사하지 않고 각하 결정할 수 있다(군에서는 위임전결 예규에 의하여 법무참모가 판단하는 경우를 제외하고는 소속 부대장이 판단 하여 지침을 하달 받아 처리한다).
4. 보석
검사(군검찰관)에 의하여 구속기소 된 경우에는 피고인은 재판을 담당하고 있는 법원에 보증금을 납부할 것을 조건으로 석방하여 줄 것을 청구할 수 있는데 이를 보석이라고 한다. 보석보증금은 현금으로 납부하지 않고 보석보증보험증권을 첨부한 보증서로써 갈음할 수 있다. 이와 같은 보석은 기소 후에 청구하는 점에서 기소 전에 청구하는 구속적부심과 다르나 보증금의 납부를 조건으로 석방하는 점에서 피의자보석제도와 유사하다. 보석은 피고인은 물론 변호인과 피고인의 법정대리인, 배우자, 직계친족, 형제자매도 청구할 수 있으며 법원은 보석을 결정함에 있어서 검사(군검찰관)의 의견을 물어야 하지만 그 의견에 구애받지 않고 자유로이 결정할 수 있다. 다만 피고인이 사형, 무기 또는 장기 10년 이상의 징역이나 금고에 해당하는 죄를 범하였거나, 피해자나 당해 사건의 재판에 필요한 사실을 알고 있다고 인정되는 자 또는 그 친족의 생명·신체나 재산에 해를 가하거나 가할 염려가 있다고 믿을만한 충분한 이유가 있는 때에는 보석을 허가하지 않는다. 법원은 피고인의 자력 정도와 범죄성질, 증거를 고려하여 상당한 보증금을 납부할 것과 주거를 제한하는 등의 조건을 붙이는 것이 보통이다. 또 보석은 피고인 등의 청구가 없더라도 직권으로 허가하는 경우도 있다.
5. 재판
검사(군검찰관)가 기소한 사건에 대하여 법원은 공판을 열어 재판을 하게 된다. 그러나 검사(군검찰관)가 약식기소 한 사건에 대하여는 공판을 열지 않고 기록만으로 재판을 하지만 판사가 정식재판을 할 필요가 있다고 생각하면 사건을 정식재판에 회부할 수도 있다. 공판은 보통 법원에 마련된 공판정에서 공개되어 진행된다. 재판에서 피고인은 자기의 억울함이나 정당함을 주장할 수 있고 또 변호인의 도움을 받을 수 있다. 심리결과 피고인의 죄가 인정되면 판사는 유죄의 판결을 하는데 정상에 따라 실형을 선고하는 수도 있고 집행유예를 붙여주는 경우도 있으며 정상이 특히 참작될 때는 선고유예를 하는 수도 있다. 집행유예는 실형을 선고하면서 일정기간 그 형의 집행을 미루어 두었다가 그 기간 동안 재범을 하지 않고 착실히 살면 형의 선고를 실효시켜 아예 집행을 하지 않는 것이며, 선고유예는 형의 선고자체를 미루어 두었다가 일정기간 무사히 경과하면 면소된 것으로 간주하는 것이다. 물론 기소한 사건에 대하여 유죄로 인정할 증거가 없으면 판사는 무죄를 선고한다. 그리고 구속되었다가 법원에서 무죄의 판결을 받거나 검사(군검찰관)로부터 불기소처분(기소유예 처분은 제외함)을 받은 사람 중 범인이 아닌 것이 명백한 사람 및 처음부터 잘못 구속된 시람은 형사보상법에 따라 구속에 대한 보상을 청구할 수 있다. 참고로 재판은 사건에 따라 판사 한사람이 하기도 하고 판사 3인으로 구성된 합의부에서 하기도 하는데(단, 군사재판의 경우 1심에서 일반 군인신분인 심판관이 포함되며, 심판관이 재판장 역할을 한다), 원칙으로 단기 1년 이상의 징역에 해당하는 사건은 합의부 관할이다. 단독판사가 한 재판에 대하 여는 지방법원의 항소부, 합의부에서 한 재판에 대하여는 고등법원에 각 항소를 할 수 있고 이에 대하여는 다시 대법원에 각 상고할 수 있다(군사재판의 경우 전건 합의부 처리가 원칙이며, 2심은 고등군사법원 3 심은 대법원임).
6. 형의 집행
법원의 판결에 의하여 선고된 형은 검사(군검찰관)의 지휘에 의하여 집행하는데 징역이나 금고형은 교도소(군의 경우 군교도소)에서 집행한다. 그리고 벌금은 판결 확정일로부터 30일 이내에 납부하여야 하며 벌금을 납부하지 않는 경우에는 1일 이상 3년 이내의 범위에서 노역장에 유치하게 되므로 스스로 납부하여 불이익을 면해야 할 것이다.
7. 가석방과 형집행정지
징역 또는 금고의 형의 집행 중에 있는 자 가운데 복역성적이 양호하고 뉘우침이 있는 때에는 무기에 있어서는 10년, 유기에 있어서는 형기의 3분의 1을 경과한 후에 법무부장관(군의 경우 현재 참모총장 승인에서 군교도소가 국방부 소속으로 변경되면 국방부장관 승인)이 가석방을 할 수 있다. 가석방의 기간은 무기형에 있어서는 10년 으로 하고, 유기형에 있어서는 남은 형기로 하되 그 기간은 10년을 초과할 수 없다. 가석방된 자는 가석방 기간 중 보호관찰을 받는다. 그러나 가석방 중에 행실이 나쁘거나 다시 죄를 저지르면 가석방이 취소 또는 실효되어 남은 형기를 마저 복역하여야 한다. 그리고 예컨대 형의 집행으로 생명을 보전할 수가 없거나 잉태 후 6개월 이상 인 때 또는 연령이 70세 이상인 때 기타 중대한 사유가 있으면 검사(군검찰관)는 형집행을 정지시키고 석방할 수도 있다(군의 경우는 실제 병의 경우 1년6개월 이상 간부는 집행유예 이상이면 전역 후 민간교도소 이감처리).